基孔肯雅病毒属于披膜病毒科甲病毒属,病毒颗粒呈球形,有包膜,直径60—70nm,只有1个血清型。病毒基因组为单股正链RNA,全长约11.8kb,内含单一可读框依次编码4种非结构蛋白和5种结构蛋白。根据病毒基因组遗传进化分析,可分为3个基因型,分别为西非型、东中南非型和亚洲型,其中东中南非型病毒突变形成的印度洋分枝(IOL)的病毒株,更易于经白纹伊蚊叮咬传播。
基孔肯雅病毒对热敏感,56℃30分钟可灭活;不耐酸,70%乙醇、1%次氯酸钠、脂溶剂、过氧乙酸、甲醛、戊二醛、酚类、碘伏和季铵盐化合物等消毒剂及紫外照射可灭活。